Problém vyhynutia niektorých zvierat nie je v evolučnej teórii posledným miestom a v darwinovskom učení má prvoradý význam. Počet druhov žijúcich v súčasnosti zaberá iba zanedbateľnú časť z celkového počtu zvierat, ktoré sa kedy na planéte vyskytli (menej ako 1%). 99% kategórií konečne vymrelo a má to veľa dôvodov.
Najnáchylnejšie na vyhynutie sú zvieratá nachádzajúce sa na jednom alebo viacerých miestach v geograficky obmedzených oblastiach. Ak celý rozsah prešiel ľudskou činnosťou, potom druhy žijúce v ňom môžu zmiznúť. Priamym dôvodom vyhynutia niektorých druhov zvierat v prírodných podmienkach je pokles ich počtu pod kritickú úroveň stanovenú zákonmi populačnej genetiky. Kritická je úroveň hojnosti, pod ktorou sa zvyšuje možnosť úzko súvisiaceho kríženia, čo vedie k zníženiu genetickej rozmanitosti druhov. Výsledkom je, že existuje podiel potomkov s vrodenými poruchami, ktoré zvyšujú úmrtnosť v nových generáciách. Druhy, ktoré sa vytvorili v dôsledku jednej alebo viacerých populácií, tiež rýchlo vymierajú. Akákoľvek kategória môže zmiznúť v dôsledku požiarov, zemetrasení, chorôb a ľudskej činnosti. Kategórie s rôznymi populáciami sú menej náchylné na vyhynutie. V porovnaní s malými majú veľké zvieratá obrovské jednotlivé územia. Potrebujú veľa jedla a často sa stávajú korisťou ľudí. Veľké zvieratá sú náchylnejšie na vyhladenie, a to nielen preto, že sú korisťou, ale aj preto, že súperia s ľuďmi v love zveri, niekedy útočia na ľudí a dobytok. Existujú populácie zvierat, ktoré sa živia veľkými plochami. Sú tiež náchylné na vyhynutie, ak je zničená časť ich dosahu. Prirodzeným vývojom prírody nútia zmeny životného prostredia niektoré kategórie prispôsobiť sa novým podmienkam. Zvieratá, ktoré nie sú schopné adaptácie, sú nútené migrovať do vhodných biotopov. V opačnom prípade hrozí ich druhu vyhynutie. Rýchle tempo rozvoja prírodných zdrojov predbieha adaptáciu, a tak zostáva migrácia jedinou možnosťou. Kategórie zvierat, ktoré nemôžu prechádzať cez polia, cesty a iné narušené biotopy, sú odsúdené na vyhynutie. Užitočnosť bola vždy predpokladom pre vyhynutie veľmi cenných druhov zvierat. Nadmerné využívanie môže drasticky zmenšiť veľkosť populácie. Ak lov nie je regulovaný zákonom, potom môžu byť niektoré druhy zvierat na pokraji vyhynutia.
